Il modello organizzativo e gestionale del Programma Operativo si compone del:
• Comitato di Coordinamento e Monitoraggio: è l'organismo di coordinamento politico-programmatico, presieduto dal Presidente della Giunta Regionale e costituito da tutti i sindaci dei Comuni del Comprensorio e dai presidenti delle Province di Potenza e di Matera. Esprime pareri sulle deliberazioni programmatiche della Giunta Regionale e sui provvedimenti di riparto e di rimodulazione delle risorse; promuove ed assicura l'espletamento di tutti i tavoli di concertazione (parti economiche e sociali; associazionismo, volontariato e no-profit..ecc) nell'area del Comprensorio, animandone permanentemente il percorso.
• Ufficio Progetti Speciali Val d’Agri Senisese: è un ufficio speciale istituito dalla Regione Basilicata con D.G.R. 689/15 per dare attuazione al Programma Operativo Val d'Agri-Melandro-Sauro-Camastra. All’Ufficio Progetti Speciali Val d’Agri compete la gestione, il monitoraggio finanziario, fisico e procedurale ed il coordinamento degli interventi programmati per il territorio della Val d’Agri di cui alla L.R. n. 40/95 e ss.mm.ii. Inoltre, l’Ufficio ha il compito di supportare il partenariato istituzionale derivante dalle intese di programma Governo-Regione Basilicata per lo sviluppo della Val d’Agri.